集体土地被政府征收后荒废的，可以采取以下措施处理：
1）依据《中华人民共和国土地管理法》第三十八条，禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地。已经办理审批手续的非农业建设占用耕地，一年内不用而又可以耕种并收获的，应当由原耕种该幅耕地的集体或者个人恢复耕种，也可以由用地单位组织耕种。因此，如果征收后的土地一年内未使用，应当恢复耕种。2）对于一年以上未动工建设的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳闲置费。这是一种经济手段，旨在督促用地单位尽快开发利用土地，避免土地资源的浪费。3）如果连续二年未使用，经原批准机关批准，由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权。该幅土地原为农民集体所有的，应当交由原农村集体经济组织恢复耕种。这一规定确保了土地资源能够得到有效利用，防止了土地的长期闲置。对于集体土地被政府征收后荒废的情况，应根据闲置时间的长短采取相应的措施，包括恢复耕种、缴纳闲置费以及无偿收回土地使用权等，以确保土地资源的合理利用。
永久基本农田撂荒属违法行为，由自然资源管理部门与农业农村主管部门共同处理。以下是对此问题的详细分析：
一、永久基本农田撂荒违反的规定
1. 《基本农田保护条例》第十八条：明确禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田。若承包经营基本农田的单位或个人连续2年弃耕抛荒，原发包单位有权终止承包合同，并收回发包的基本农田。
2. 《土地管理法》第三十八条：同样禁止闲置、荒芜耕地。对于已办理审批手续但一年内未使用且可耕种的土地，应恢复耕种或组织耕种；连续二年未使用的，将无偿收回用地单位的土地使用权，原为农民集体所有的，应交回原农村集体经济组织恢复耕种。
二、处理部门及职责
1. 自然资源管理部门：负责监督检查土地使用和保护情况，对发现的永久基本农田撂荒行为进行初步调查，收集证据，查清事实。依据《土地管理法》第七十五条，对破坏种植条件或造成土地荒漠化、盐渍化的行为，责令限期改正或治理，并可处以罚款；构成犯罪的，依法移送司法机关追究刑事责任。
2. 农业农村主管部门：参与调查永久基本农田撂荒对农业生产的影响，评估损害程度，提出修复和治理建议。对于破坏种植条件的行为，可责令恢复种植条件并处以罚款。
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内容来源参考：头条-永久基本农田撂荒违反什么规定 由自然资源管理部门还是农业部门处理,
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