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农村集体建设用地上的企业厂房被政府征收拆迁时，其补偿方式并非简单地按宅基地或工矿企业标准进行，而是依据相关法律法规，结合土地性质、企业实际情况及地区政策等多方面因素综合确定。以下是对此问题的详细解答：
一、补偿原则与依据
1. 依法依规补偿：
根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，农村集体建设用地上的企业厂房拆迁补偿应确保被拆迁企业的合法权益不受损害。
补偿标准应基于市场价值、企业实际损失及未来发展潜力等因素综合确定，确保补偿的公平性和合理性。
2. 分类施策：
针对不同类型的企业（如制造业、服务业等）和不同的经营状况，制定差异化的补偿方案。
二、具体补偿内容
1. 土地使用权补偿：
农村集体建设用地上的企业厂房，其土地使用权在拆迁时应得到相应补偿。
补偿标准通常参考当地同类土地的市场价格或政府公布的基准地价，具体数额需根据土地性质、位置、用途等因素评估确定。
2. 房屋及附属物补偿：
企业所有的建筑物、构筑物及其附属设施（如围墙、道路、绿化等）均应按重置成新价给予补偿。
重置成新价是指重新构建相同或类似资产所需的成本减去折旧后的价值，具体数额需由专业评估机构评估确定。
3. 停产停业损失补偿：
因拆迁导致企业无法继续经营的，应给予停产停业损失补偿。
补偿金额通常根据企业近年的平均净利润、员工工资支出、税费缴纳情况等因素综合计算，补偿期限一般根据实际停产停业时间确定，但最长不超过一定年限（如6个月至1年）。
4. 搬迁费用补偿：
包括设备拆卸费、运输费、安装调试费等因搬迁产生的直接费用。
对于特殊设备或大型机械的搬迁，可能还需要聘请专业公司进行作业，相关费用也应纳入补偿范围。
5. 奖励性补偿：
为鼓励企业积极配合拆迁工作，政府或拆迁方可能会设置一定的奖励措施，如提前签约奖、按时腾空奖等。
三、补偿流程与注意事项
1. 评估与协商：
拆迁前，应由具有资质的房地产评估机构对企业的土地、房屋及附属物进行评估，确定其价值。
双方就补偿金额、支付方式、安置地点等关键问题进行协商，达成一致后签订补偿协议。
2. 签订补偿协议：
协议应明确补偿的具体内容、金额、支付方式、履行期限等条款，确保双方权益得到保障。
3. 监督与执行：
拆迁过程中，应加强对补偿资金使用的监管，确保专款专用。
如遇纠纷或争议，可寻求法律途径解决，维护自身合法权益。
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内容来源参考：法律头条-用宅基地办企业拆迁如何补偿,征收集体土地房屋拆迁宅基地是怎么补偿的
内容审核：卢恩光律师
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