处理互换土地确权纠纷可按以下方式进行：
1.双方协商：当事人应首先尝试自行协商，依据互换协议及相关约定，明确土地权益归属，达成一致解决方案。
2.申请调解：若协商不成，可向村民委员会、乡（镇）人民政府等申请调解。这些调解组织会依据事实和法律规定，协助双方当事人达成调解协议。
3.申请仲裁：如调解无果，可根据纠纷前的约定或事后达成的书面仲裁协议，向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁机构会按照法定程序进行审理并作出裁决。
4.提起诉讼：当事人不愿协商、调解或协商、调解不成，又没有达成仲裁协议的，可以直接向人民法院提起诉讼。法院会根据相关证据和法律规定，对纠纷进行公正判决。
在处理纠纷过程中，当事人需提供能证明土地互换事实、协议内容、土地使用情况等的证据，如互换协议、土地承包经营权证、证人证言等，以保障自身合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权后土地互换协议，互换土地确权纠纷怎么办手续内容审核：王利卡律师
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