两者在协议内容、主导方以及补偿标准等方面存在显著差异：首先，协议拆迁所达成的是民事或商业性质的协议，其主要目的在于取得土地进行盈利性的房地产开发，并由相关的商业机构负责主导各方当事人遵循平等自由的原则进行合理的补偿方案磋商；而征收拆迁则签订的是具有强烈公权力色彩的行政性合同，其主要立足于公共利益的发展需求，并由行政部门主导，根据相关法律法规规定进行科学严谨的补偿设定。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第八条
为了保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定：
（一）国防和外交的需要；
（二）由政府组织实施的能源、交通、水利等基础设施建设的需要；
（三）由政府组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要；
（四）由政府组织实施的保障性安居工程建设的需要；
（五）由政府依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要；
（六）法律、行政法规规定的其他公共利益的需要。
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文章来源参考：头条-拆迁协议和拆迁补偿协议，拆迁协议和协议拆迁的区别内容审核：陈莹律师
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