若房屋是历史遗留原因造成无证，比如在相关规划、产权登记制度不完善时建成的房屋，这种情况下，通常应给予合理补偿。相关部门会结合房屋建造时间、当时的政策等因素综合认定，按照合法房屋的标准进行补偿。
若房屋是未经合法审批建设的违法建筑，一般不予补偿。但在认定违法建筑时，需遵循严格的法定程序。若行政机关未按程序认定，房屋所有人可通过行政复议、行政诉讼等途径维护权益。
若房屋部分手续缺失，可对符合规定的部分给予补偿。比如，建设房屋时已取得部分审批文件，只是因某些原因未完全办理完手续，可根据实际情况给予相应比例的补偿。
总之，国有土地上无证房屋补偿不能一概而论，需结合房屋实际情况、当地政策及法律规定，依法依规确定是否补偿及补偿标准。被征收人若对补偿有异议，可咨询专业律师，通过合法途径争取合理补偿。
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文章来源参考：头条-有国土证没有房产证的房子被征收了，国有土地上无证房屋征收的认定程序内容审核：毛利娟律师
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