这个要分情况而论。
您的企业证照不齐全，很可能涉嫌违法建筑。如果被认定为违法建筑，那么在征收拆迁时，有极大的可能被拆迁，然后不予补偿。法条依据在《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条规定：对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
因此，如果您的企业被认定为违法建筑的话，很可能就会面临不补偿或者低补偿的境遇，会严重损害您的权益。而在实践中，征收方通常会以被拆迁人的相关证件不齐全或者没有证件为由，直接认定为违法建筑，从而不给被拆迁人补偿。
但是，这样“一刀切”似的将无证或证件不齐的房屋企业想当然的认定为违法建筑，是不合法的。违法建筑的认定有严格的法定程序，并不以证件齐全与否为唯一依据。
所以，目前的关键问题，是确认您的企业房屋是否是真正意义上的的违法建筑。
如果是，那么房屋被拆迁了，拆迁方通常做法就是最多也就补偿房屋内物件损失，而对房屋不予补偿。
而如果不是违法建筑，则根据《条例》规定：为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人给予公平补偿。
那如何确定是不是违法建筑呢？在明律师教你几个简单的认定方法，即：
1、未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的。
2，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，
3，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，
4，河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物，
5，未经水利行政主管部门或者流域管理机构同意，而擅自修建的拦河、跨河、临河建筑物，
6，在铁路内侧、平交道口和人行过道附近修建的妨碍行车眺望的建筑物，
7，非因公路防护，养护需要而在公路建筑控制区内修建的建筑物，
当然，上述违法建筑的认定只是概括性的规定，具体的认定则要依据房屋的具体情况进行。
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