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土地承包证丢失后，应前往当地的乡（镇）人民政府农村经营管理部门或县级以上地方人民政府农业农村主管部门申请补办。以下是详细的补办流程：
1）准备相关材料
1.身份证明：申请人需准备身份证、户口本等身份证明材料的原件及复印件。
2. 土地承包信息证明：包括土地承包合同、村（组）出具的土地承包证明等，用于核实承包土地的具体情况。
3. 遗失情况说明：撰写一份土地承包经营权证遗失的情况说明，详细阐述遗失经过。
2）提交补办申请
1. 携带上述材料，前往乡（镇）人民政府农村经营管理部门提出补办申请，并填写《农村土地承包经营权证补发申请表》。
2. 乡（镇）人民政府农村经营管理部门会对申请材料进行初审，并给出初审意见。
3）审核与发证
1. 初审通过后，材料会上报至县级以上地方人民政府农业农村主管部门进行进一步审核。
2. 审核内容包括申请材料的真实性、完整性以及承包土地的合法性等。
3. 审核通过后，县级以上地方人民政府农业农村主管部门会编制农村土地承包经营权证登记簿，并进行正式登记。
4. 完成登记后，由县级以上地方人民政府或原发证机关向承包方颁发新的农村土地承包经营权证。
法律依据：
根据《农村土地承包经营权证管理办法》第十七条，农村土地承包经营权证遗失的，承包方应向乡（镇）人民政府农村经营管理部门申请补发。
法律分析：
土地承包经营权证补办方式：
农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的，承包方应向乡(镇)人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。经乡(镇)人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。
法律依据：
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》
第十七条 农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的，承包方应向乡(镇)人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。经乡(镇)人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。
第十八条 办理农村土地承包经营权证换发、补发手续，应以农村土地经营权证登记簿记载的内容为准。
第十九条 农村土地承包经营权证换发、补发，应当在农村土地承包经营权证上注明“换发”、“补发”字样。
若土地承包经营权证书遗失，不必过度忧虑。
应立刻联系所在乡镇农村经营管理部门，书面申请补办，详述丢失证件信息及原因。
部门将严格审核，确认无误后，依法为您补发新证。
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十七条农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的，承包方应向乡（镇）人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。
经乡（镇）人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。
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文章来源参考：政府头条-土地承包证遗失了怎么办理，土地承包经营权证遗失怎么补办
内容投稿：滕洁晴
内容审核：张振律师
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