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公司租赁集体土地需缴纳的税种主要包括增值税、城建税、教育费附加、地方教育附加、印花税、城镇土地使用税，以及可能涉及的房产税和企业所得税。具体分析如下：
1）增值税- 出租方：若土地是2016年4月30日前取得，可选择简易计税方法，按5%征收率计算税额；若土地是2016年5月1日后取得，一般按9%税率计算缴纳增值税。若将承包地流转给农业生产者用于农业生产，则免征增值税。
- 承租方（公司）：不直接缴纳增值税，但需关注出租方是否合规缴纳。
2）城建税、教育费附加、地方教育附加- 以实际缴纳的增值税为计税依据。
- 城建税根据地区不同，税率分别为7%（市区）、5%（县城、镇）、1%（其他地区）。
- 教育费附加率为3%，地方教育附加率通常为2%。
3）印花税- 双方均需缴纳：按照“财产租赁合同”税目，按租赁金额的千分之一贴花，税额不足一元按一元贴花。
4）城镇土地使用税- 若租用的土地位于城市、县城、建制镇、工矿区范围内，则需缴纳此税。
- 具体税额根据当地规定每平方米年税额标准计算，不同地区税额差异较大。
- 用于农业生产的土地免征城镇土地使用税。
5）房产税（如适用）- 仅当土地上存在建筑物并用于出租时，才可能涉及房产税的缴纳，税率为租赁收入的12%。
6）企业所得税- 出租方：租金收入计入应税收入总额，按适用税率（一般为25%）缴纳企业所得税；符合条件的小型微利企业可享受优惠税率。
- 承租方（公司）：若在租用的土地上进行生产经营并取得收入，需按《中华人民共和国企业所得税法》的规定缴纳企业所得税。
农业用地在一般情况下不需要缴纳土地使用税。根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第二条，土地使用税的征税范围为城市、县城、建制镇、工矿区，并不包括农业用地。因此，农业用地不在土地使用税的征税范围内，无需缴纳该税种。
2）农业用地可能涉及的税种虽然农业用地不需要缴纳土地使用税，但如果农业用地被征收用于非农业建设，如建房或从事其他非农业活动，则需要依据《中华人民共和国耕地占用税法》缴纳耕地占用税。如果土地作为经营使用，也可能产生其他相关税费。
1. 耕地占用税：是国家对占用耕地建房或者从事其他非农业建设的单位和个人，依据实际占用耕地面积、按照规定税额一次性征收的一种税。耕地占用税属行为税范畴，以实际占用的耕地面积为计税依据。
2. 免税与减征情况：根据相关法律法规，某些特定情况下，耕地占用税可以免征或减征。例如，军事设施、学校、幼儿园、养老院、医院占用耕地可以免征耕地占用税。而农村居民占用耕地新建住宅，则可能按照当地适用税额减半征收。
3）总结农业用地在保持农业用途时不需要缴纳土地使用税。但如果土地被征收用于非农业建设，则需依法缴纳耕地占用税。在具体操作中，应根据实际情况和相关法律法规进行申报和缴纳。
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内容来源参考：头条-农业用地是否交土地使用税,
内容审核：黄钰峨律师
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