对于征收房屋中的违章部分，通常会根据具体情况进行处理。
1.若违章建筑是在征收决定作出后新建或搭建的，一般不予补偿。因为这些违章建筑并非合法存在，不应获得征收补偿的利益。
2.对于征收决定作出前已存在的违章建筑，在满足一定条件下，可能会给予适当补偿。例如，该违章建筑是由于历史原因或相关部门的过错导致形成的，或者在征收过程中，对违章建筑进行了一定程度的改造和利用，使其具有了一定的合法价值等情况。
3.无论如何，征收部门在处理违章建筑时，都应当遵循合法、公正、合理的原则，保障被征收人的合法权益。同时，要依据相关法律法规和政策规定，进行准确的认定和处理。
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文章来源参考：头条-房屋征收决定是否可诉，征收房屋违章怎么办手续内容审核：赵昀腾律师
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