首先，工厂土地被征收且厂房未备案是存在一定风险和复杂性的情况。一方面，未备案可能导致在土地征收过程中，对厂房的合法性和权益保障面临质疑，征收程序可能会受到影响，需要及时与相关征收部门沟通说明情况，提供其他能够证明厂房合法性的材料，如建设许可证等。
另一方面，应尽快着手补办厂房备案手续。需准备好相关的建设规划资料、施工许可等文件，按照当地不动产登记部门的要求和程序进行申请备案。
同时，要对土地征收的相关法律法规和政策有清晰的了解，确保自身权益在征收过程中得到合理保障。如果在处理过程中遇到困难或争议，可寻求专业法律意见或通过法律途径解决，以维护自身的合法权益。
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文章来源参考：头条-厂房征用地赔偿标准，工厂土地被征收,工人怎么赔偿内容审核：赵权律师
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