拆迁后宅基地确权通常由自然资源部门管理。自然资源部门负责土地资源的规划、管理和保护等工作，对宅基地确权有着专业的职责和权限。
在具体操作中，相关部门会依据法律法规和政策规定，对拆迁后的宅基地进行测量、登记、审核等工作，以确定宅基地的权属和相关权益。通过一系列的程序和流程，保障宅基地权利人的合法权益，确保宅基地确权工作的公正、公平、公开。
同时，在一些地区，可能还会涉及到乡镇政府等基层组织的配合与协助，共同完成宅基地确权的相关工作。总之，自然资源部门在拆迁后宅基地确权管理中起着主导作用，以保障土地管理秩序和农民的合法权益。
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文章来源参考：头条-拆迁后的宅基地怎么确权，拆迁后的宅基地怎么确权内容审核：刘博韬律师
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