法院判决土地确权纠纷，会依据相关法律法规及具体案件事实。
若当事人有合法有效的土地权属证书，且证书对争议土地的四至、面积等有明确记载，法院通常会以该证书为依据，认定土地权属归证书持有者。
若双方均无土地权属证书，法院会审查土地的历史使用情况。长期连续、合理使用土地的一方，在证据支持下，其权益更易得到法院认可。比如一方有多年耕种、管理土地的记录，且无他人提出异议，法院可能会倾向于认定其对土地享有相应权益。
对于土地流转的情况，法院会审查流转合同的效力。若流转合同合法有效，会按照合同约定确定土地权益归属。但如果合同存在违反法律法规强制性规定等无效情形，法院会依法认定合同无效，并重新确定土地权属。
此外，在处理纠纷时，法院会遵循有利于生产生活、公平合理的原则。尽量平衡双方当事人的利益，确保土地能得到合理利用。同时，对于存在行政机关处理前置程序的案件，若未经行政处理直接起诉，法院可能会不予受理或驳回起诉。
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文章来源参考：头条-土地确权有纠纷找哪个部门，土地确权纠纷怎么处理内容审核：贾燕丽律师
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