土地纠纷二次确权需按以下步骤处理：
首先，收集证据。当事人应收集与土地相关的各类证据，如土地承包合同、经营权证、土地使用的历史记录、村委会证明等，以证明自己对土地的权益主张。
其次，尝试协商解决。双方当事人可自行就土地纠纷进行沟通，达成一致协议。若自行协商有困难，可请求村委会、乡镇政府等相关组织进行调解。调解时需遵循自愿、合法原则，在相关组织主持下，分清是非，明确权益，促使双方达成调解协议。
若协商和调解均无果，可申请行政处理。个人之间、个人与单位之间的土地纠纷，可向乡级人民政府或县级以上人民政府申请处理；单位之间的土地纠纷，由县级以上人民政府处理。当事人对处理决定不服的，可在规定时间内向人民法院提起行政诉讼。
最后，走法律程序。若行政处理无法解决纠纷，当事人可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。诉讼过程中，需严格按照法律规定的程序进行举证、质证等环节，由法院依据事实和法律作出判决。
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文章来源参考：头条-土地二次确权后能否再变更，土地纠纷二次确权怎么办手续内容审核：毕文芳律师
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