主体方面，房屋征收协议中，一方主体是政府部门，具有行政属性；而拆迁协议的一方主体通常是房地产开发公司等民事主体，属于平等民事主体之间的协议。
依据的法律不同，房屋征收协议主要依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》等行政法律法规，强调政府对公共利益的考量和依法征收程序；拆迁协议依据《民法典》等民事法律，遵循平等、自愿、协商一致原则。
目的不同，房屋征收是为了公共利益需要，如建设基础设施、公共事业等；拆迁多是出于商业开发目的，追求商业利益。
程序不同，房屋征收有严格的法定程序，要经过拟定征收补偿方案、征求公众意见、进行社会稳定风险评估等；拆迁协议的签订程序相对灵活，主要由双方协商确定。
补偿标准也有差异，房屋征收补偿标准由政府根据相关规定制定，相对统一和规范；拆迁补偿标准则由双方协商，可能因具体情况差异较大。
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文章来源参考：头条-征收房屋协议书怎么写，房屋征收协议和拆迁协议的区别内容审核：谭深杰律师
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