根据相关法律规定，被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。所以，如果有产权争议的房屋面临拆迁时，房屋征收部门不能与争议的任何一方签订征收补偿协议，只能由作出征收决定的人民政府依法对被征收的房屋作出征收补偿决定，并将征收补偿款及补偿安置房屋予以提存。待争议解决后，再向权利人发放征收补偿款，进行补偿安置。
拆迁方想要对有产权争议的房屋进行拆迁，作出的拆迁补偿安置方案必须经县级以上人民政府拆迁主管部门批准，拆迁方才可实施房屋拆迁。因为由于有产权争议，拆迁方单独提出补偿安置方案，为保护房屋产权人的，补偿安置方案须经有关部门批准才能生效，拆迁方才能实施拆迁。有产权争议的房屋面临拆迁时的处理方法有：
1、以房屋为标的物的房屋确权、使用、买卖、租赁、典当、抵押等民事行为发生的纠纷，以及与房屋相关联的房屋装修、装潢、设计、附属设施的归属纠纷，当事人有权直接向人民法院提起民事诉讼。
2、拆迁人与被拆迁人因拆迁补偿、安置等发生纠纷，双方协商达不成协议的，由批准拆迁的主管部门，或房屋拆迁主管部门的同级人民政府裁决，当事人对裁决不服的，可在接到裁决书之日起15日内向法院起诉。在房屋产权争议诉讼中，一方当事人可以向法院申请对拆迁补偿款采取财产保全措施，对拆迁或请求拆迁人将拆迁补偿款向有关机关提存，防止拆迁人把拆迁补偿款发放给案外人，损害真正产权人的合法权益。当然，拆迁人为防止错发拆迁补偿款，在签订拆迁补偿协议之前可要求对争议的房屋进行确权，要求被拆迁人提供有效的权属证明文件。
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