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历史遗留问题的违建的处理如下：
1、允许存量型违法建设进行不动产登记登记，一方面是保证其暂存期间与合法房屋在登记义务方面的一致性，只有经过登记，缴纳登记费用，才能够对房屋进行占有、使用、收益；另一方面，则是利于违法建筑在新一轮城市建设中的情况查明；
2、增加存量型违法建筑的纳税义务为与上述制度构建相匹配，还应当增加存量型违法建筑的纳税义务。在国外以及我国台湾、澳门等地区均存在这种操作路径。向违法建设行为人征税，一方面有助于合法建筑税赋公平及市场正常秩序的建立，避免不诚信者、违法者得利的冤大头现象，另一方面也将潜在的违法建设行为人考量税收之经济负担，抑制其建设热情，从而达到遏制违法建设行为新增的目的。
【法律依据】：《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第二十四条
市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
法律分析：
这个需要相关部门认定。
未经产权登记的房屋并非均属违法建筑，也并非所有违法建筑都须拆除。
征收范围内的房屋情况复杂，尤其是城中村或旧城区，存在大量因历史原因未依法办理产权登记或依法未办理审批许可手续的建筑，对征收范围内的此类建筑，政府应当组织有关部门依法进行调查、认定和处理。
法律依据：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第二十四条 市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。
对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
法律分析：
违建问题的界定由城乡规划法等法律规定，违建历史遗留问题属于法律没有明确规定事项，由县级政府以上及相关部门认定。
法律依据：
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；
尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；
无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
法律分析：
对违法建筑的处理主要有罚款、限期拆除和没收三种方式，具体内容为：
(一)罚款 对于违法建设当事人所建的违法建筑可以采取改正措施消除对规划实施的影响的，处建设工程造价5%以上10%以下的罚款。
适用罚款的处罚方法。
1、处以罚款的前提条件。
2、罚款的数额。
应以违法部分的工程造价来计算。
因为适用法律有一个通用原则，就是“就低不就高，就轻不就重”，即在法律规定不明确、不具体的情况下，对违法当事人实施处罚，一般是就轻就低。
法律依据：
《中华人民共和国城乡规划法》 第六十八条 城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
法律分析：
这个需要相关部门认定。
未经产权登记的房屋并非均属违法建筑，也并非所有违法建筑都须拆除。
征收范围内的房屋情况复杂，尤其是城中村或旧城区，存在大量因历史原因未依法办理产权登记或依法未办理审批许可手续的建筑，对征收范围内的此类建筑，政府应当组织有关部门依法进行调查、认定和处理。
法律依据：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第二十四条 市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。
对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿;对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
法律分析：
（一）允许存量型“违法建设”进行不动产登记
允许历史遗留的“违法建筑”进行不动产登记，一方面是保证其暂存期间与合法房屋在登记义务方面的一致性——只有经过登记，缴纳登记费用，才能够对房屋进行占有、使用、收益；
另一方面，则是利于“违法建筑”在新一轮城市建设中的“情况查明”。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条第二款的规定，市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。
那么，通过存量型“违法建设”的事前登记，无疑将对具体征收过程中的调查工作提供很大便利。
另外，对于违法建设行为人来说，不动产登记则能够确定其对建筑物的财产权利边界。
由于允许历史遗留“违法建筑”暂存，在暂存期间，建设行为人的财产归属权益是被默许为合法的，故而这种权利的确认也将增加其财产安全系数。
（二）增加存量型“违法建筑”的纳税义务
为与前述一项制度构建相匹配，还应当增加存量型“违法建筑”的纳税义务。
在国外以及我国台湾、澳门等地区均存在这种操作路径。
向违法建设行为人征税，一方面有助于合法建筑税赋公平及市场正常秩序的建立，避免不诚信者、违法者得利的“冤大头”现象，另一方面也将潜在的违法建设行为人考量税收之经济负担，抑制其建设热情，从而达到遏制违法建设行为新增的目的。
法律依据：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第二十四条 第二款 市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。
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文章来源参考：头条-台湾的房屋违建，历史违建怎样认定
内容审核：贾波涛律师
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