土地确权后补偿对方需视具体情形而定：
若存在土地流转关系，补偿方式按流转合同约定执行。例如合同明确约定在土地被征用时，地上附着物及青苗补偿归实际投入方，土地补偿款按一定比例分配，那就依约进行补偿。
若是土地权属存在争议且已确权，一方对另一方造成损失需补偿的，通常按照损失的实际价值赔偿。比如因之前错误占用导致对方土地收益受损，需计算损失期间的收益进行赔偿。赔偿方式可以是货币补偿，直接支付相应金额；也可经双方协商一致，采用实物补偿等其他合理方式。
若涉及侵权行为导致需补偿对方，应赔偿对方因侵权行为遭受的全部损失，包括直接损失和间接损失。如因侵权人的不当施工致使土地肥力下降，除赔偿恢复地力的费用这一直接损失外，还需赔偿因肥力下降导致的农作物减产损失这一间接损失。具体补偿需经评估确定合理数额。
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文章来源参考：头条-土地确权后会被国家收回吗，土地确权了怎么补偿对方不同意内容审核：杨在明律师
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