土地确权证办理部门根据土地性质有所不同。
若是农村集体土地所有权的确权登记，一般由县级以上人民政府土地行政主管部门负责。这些部门会对土地的权属、面积、用途等信息进行调查、审核和登记，最终核发土地确权证。在实际操作中，乡镇人民政府也会协助开展相关工作，如收集资料、进行初步审核等。
对于农村宅基地和集体建设用地使用权的确权登记，同样由县级自然资源主管部门负责组织实施。因为这类土地涉及农民的切身利益，相关部门会严格按照程序进行权属调查、测量、公告等工作，确保登记的准确性和公正性。
而国有土地使用权的确权登记，也是由县级以上人民政府土地管理部门办理。国有土地使用情况较为复杂，涉及到出让、划拨等多种方式，土地管理部门会根据不同情况进行审查和登记，保障土地使用者的合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权证归哪个部门办理，土地确权证在什么部门办理内容审核：周雷律师
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