农村土地确权证主要由县级以上人民政府以及相关职能部门负责管理。
县级以上人民政府是农村土地确权登记发证的主体，拥有确认土地所有权和使用权的权力，并颁发土地权利证书。
在具体工作中，农业农村部门发挥重要作用。该部门负责指导农村土地承包经营权的确权登记颁证工作，对承包地的权属、面积、位置等信息进行审核和确认。
自然资源部门也承担着相应职责。其负责对农村集体土地所有权、宅基地使用权等进行登记发证，对土地的地类、界址、面积等进行认定，保证土地登记信息的准确性和合法性。
此外，乡镇人民政府作为基层政府，在农村土地确权工作中起着协助和配合的作用。其要收集和审核本辖区内的土地确权相关资料，调解土地权属纠纷，推动确权工作顺利开展。
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文章来源参考：头条-农村土地确权证有效期多少年，农村土地确权证由哪个部门发放内容审核：黄钰峨律师
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