农村土地确权后户主不在了，处理方式如下：
1. 若土地承包经营权属于家庭承包，其承包地由家庭其他成员继续承包经营。在承包期内，发包方不得收回承包地。其他家庭成员应与发包方重新签订承包合同，明确各自的权利和义务。
2. 若户主的子女已取得其他集体经济组织的承包地，且在原承包地所在集体经济组织未实际取得承包地的，可以保留其土地承包经营权；若子女未取得其他集体经济组织的承包地，且在原承包地所在集体经济组织也未实际取得承包地的，发包方可以收回其承包地。
3. 对于承包地的继承问题，目前法律规定只有林地的承包经营权可以依法继承，其他耕地、草地等的承包经营权不能继承，但在承包期内，其继承人可以继续承包。
总之，要根据具体情况，结合相关法律法规和当地政策，妥善处理土地承包事宜，以保障农民的合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权户主不在家怎么办，土地确权户主不在家怎么办内容审核：刘睿安律师
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