宅基地买卖协议位置有偏差，合同是否有效需分情况判断。
一般而言，若位置偏差较小，不影响协议主要目的实现，且不违反法律法规强制性规定和公序良俗，合同仍然有效。双方可通过协商签订补充协议，明确正确位置，以保障合同顺利履行。比如，协议上房屋门牌号登记错误，但能通过周边环境等明确实际交易房屋，不影响交易实质，合同效力不受太大影响。
然而，若位置偏差严重，影响到合同根本目的，比如所指宅基地与实际交易的地块差异巨大，双方对交易标的物存在重大误解，当事人可请求人民法院或仲裁机构撤销合同。若宅基地买卖本身违反法律规定，如卖给非本集体经济组织成员等，即便位置无偏差，合同也可能被认定无效。
总之，宅基地买卖协议位置有偏差时，合同效力要结合偏差程度、对合同目的的影响及交易合法性等综合判断。
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文章来源参考：头条-宅基地买卖合同纠纷的解决方法，宅基地买卖协议无效的法律后果内容审核：刘德凤律师
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