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二轮土地承包确权登记的底案不仅村里保留，农业农村局同样会保留。以下是对此问题的详细分析：
1）农业农村局保留底案的法律依据
1. 土地管理法规要求：根据相关土地管理法规，土地承包确权登记是土地管理的重要环节，旨在明确土地权属，保障农民的土地权益。农业农村局作为土地管理的主管部门，有责任保留和管理土地承包确权登记的底案。
2. 便于监督与管理：农业农村局保留底案，可以方便地对土地承包情况进行监督和管理，确保土地承包的合法性和规范性。同时，也为处理土地纠纷、进行土地流转等提供了重要的法律依据。
2）村里保留底案的作用
1. 方便村民查询：村里保留土地承包确权登记的底案，可以方便村民随时查询自己的土地承包情况，了解土地权属和边界等信息。
2. 便于村里管理：村里保留底案，也有助于村里对土地进行统一管理，如进行土地流转、调整土地承包关系等。
3）如何查询二轮土地承包确权登记底案
1. 向村里咨询：村民可以直接向村里咨询自己的土地承包确权登记情况，村里会提供相应的查询服务。
2. 向农业农村局申请查询：如果村民需要更详细的土地承包确权登记信息，可以向当地的农业农村局申请查询。农业农村局会根据相关规定，为村民提供查询服务。
法律分析：
农村土地确权后农民还可以再次分地。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决
协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理
个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
1、土地确权后村里没有权收回土地，一般土地确权之后土地变多或者变少，只要误差在5%以内，与原来的土地面积相差不是很大的话，基本上不用担心。
但若是多出来的土地或者少了的土地数量较大，就要申请重新进行实测勘查，并在现场进行监督。
2、若确实数据属实，那这就是最终的确权面积。因为以前的土地证上的面积多是人工拿皮尺测量，而现在都是采用的卫星定位测量，本来测量上的误差就不能够有效避免，只能尽可能精确，
3、因此若本次确权土地多了，只要在确权证上注明“承包地二轮合同面积”和“实际测量面积”就行了。
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文章来源参考：政府头条-土地确权村里还留地吗怎么办，土地确权后村里还能更改吗
内容投稿：吕岚怡
内容审核：卢恩光律师
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