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土地使用权的管理涉及多个部门，具体职责因土地类型、用途及所在区域的不同而有所差异。以下是对土地使用权管理部门的详细归纳：
1）主要管理部门及其职责
1. 自然资源主管部门
▷ 核心职责：根据《中华人民共和国土地管理法》，国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。县级以上地方人民政府自然资源主管部门则根据省、自治区、直辖市人民政府的规定，承担本行政区域内的土地管理职责。
▷ 具体职能：包括制定土地出让、转让等政策法规，组织编制和实施国土空间规划，负责土地使用权的登记、发证工作，以及查处违反土地管理法律法规的行为等。
2. 农业农村主管部门
▷ 核心职责：主管农村土地承包经营管理工作，维护农村土地承包当事人的合法权益。
▷ 具体职能：包括指导农村土地承包、耕地使用权流转和承包纠纷仲裁管理，提出深化农村经济体制改革和巩固完善农村基本经营制度的政策建议等。
3. 住房和城乡建设部门
▷ 核心职责：负责城市土地的规划和管理，制定城市建设用地标准和规范。
▷ 具体职能：包括对土地开发建设项目的规划设计方案进行审查，协同自然资源部门对房地产开发项目进行监管等。
2）不同土地类型的管理分工
1. 农用地：主要由农业农村部门负责，包括耕地、林地、草地等，确保农用地的合理利用和保护。
2. 建设用地：涉及自然资源、住房和城乡建设等多个部门。自然资源部门负责建设用地的规划和审批，住房和城乡建设部门则负责城市建设用地的具体管理和实施。
3. 未利用地：由自然资源部门统一管理，负责未利用地的调查和评估，制定开发利用计划，并组织实施。
法律分析：
国有土地使用权属于政府土地行政主管部门收回权限
国有土地使用权，指依法使用国家所有土地的权利。国有土地使用权的主体非常广泛，任何单位和个人，包括境外的企事业单位和个人，符合依法使用中国国有土地条件的，都可以成为中国的国有土地使用者。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》 第五十八条 有下列情形之一的，由有关人民政府自然资源主管部门报经原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权：
（一）为实施城市规划进行旧城区改建以及其他公共利益需要，确需使用土地的
（二）土地出让等有偿使用合同约定的使用期限届满，土地使用者未申请续期或者申请续期未获批准的
（三）因单位撤销、迁移等原因，停止使用原划拨的国有土地的
（四）公路、铁路、机场、矿场等经核准报废的。依照前款第（一）项的规定收回国有土地使用权的，对土地使用权人应当给予适当补偿。
如果是土地经营权的权属发生纠纷，管辖部门为国土部门、县级以上政府、有管辖权的法院。
按照《土地管理法》的规定，先行由县级国土部门调查、调解，如果能协商解决是最佳的解决办法，可以解决定纷止争，节省人财物力，协商不成的，由县级政府进行裁决。
往往一个案件由于历史原因解决难度较大，如果对政府的裁决不服提起行政诉讼，时间成本会更大。
如果是土地承包经营权的纠纷，管辖部门为乡政府、仲裁机构、有管辖权的法院。按照《农村土地承包法》规定：
承包合同自成立之日起生效。
因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡(镇)人民政府等调解解决。
这是协商解决的最佳办法，往往发生纠纷不会是一方的过错，需要各让一步，才能解决，如果调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
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文章来源参考：政府头条-土地使用权是哪个部门管理，土地使用权是国家的吗
内容投稿：郑锦
内容审核：张天雨律师
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