根据相关法律规定，农村宅基地的所有权归农民集体所有，即农村集体经济组织享有宅基地所占土地的土地所有者权益。而根据《民法典》关于宅基地使用权的的相关规定，宅基地使用权人享有宅基地使用者权益。同时，关于不动产所有权的规定，宅基地上房屋所有权人享有房屋的所有者权益。因此，农村征收农村宅基地时，应当依法针对不同权益主体，补偿其因征收所受到的损失。
从农村宅基地的征收补偿来说，相关法规虽然没有明确具体的规定，但需要特别考虑的是宅基地不同于农用地和建设用地的特殊用途，结合相关法规关于宅基地所包含权益和归属主体的规定，宅基地的征收补偿，应当针对不同的权益主体给予不同的补偿，即：作为宅基地所有者的农村集体经济组织，应当获得剥离了宅基地使用权价值的一般土地价值的补偿费用;而宅基地使用权价值、房屋所有权价值，则应当补偿至被拆迁村民。当然，宅基地使用权的补偿，一般是由征地部门在征地环节，根据其与村集体签订的征地补偿协议，把征收补偿款支付到村集体账户，随后再有村集体分配至宅基地的使用权人。
这其中需要注意的是，我们也经常在征收补偿安置协议中，看不到宅基地补偿这一项，这是因为我国实行房地一体主义，就像购买商品房时不会区分土地价格及房屋价格，土地区位因素一般直接体现在房价上，而农村宅基地的补偿也会体现在房屋补偿价格中，若在计算房屋补偿时有考虑宅基地的价值。不过，也有地区也会分开补偿，单独制订宅基地和房子的补偿费用。
最后，在农村房屋拆迁中，涉及到宅基地的，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障被征收人的合法权益。
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