根据相关法律规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。土地使用权可以依法转让。由此可见，农村集体土地是不允许买卖的，但是土地使用权按照规定可以在同一集体经济组织成员之间转让，而且土地转让后，村民不得再申请宅基地，而城镇居民是禁止购买宅基地的。所以，城镇户口居民购买了农村宅基地上房屋，那么双方的协议是违反法律规定的，是无效的。
首先，因为双方的房屋买卖协议是无效的，所以城镇居民购买的农村宅基地上房屋无法办理有关证件，物权不发生变动，村民依旧是宅基地的使用权人，拆迁方可依据登记信息与村民协商安置补偿问题，一旦双方协商一致，签订安置补偿协议。那么此时作为买方的城镇居民可以要求村民返还不当得利及其利息。
其次，如果城镇居民觉得补偿低于自己买房以及装修等花费的时间和金钱，从而想通过确认协议无效的方式拿回购房款。主张协议无效也可以要求对方返还不当得利及其利息，但是对方已经得到补偿款后依旧要求对方返还补偿是比较困难的。
最后，律师提醒广大城镇居民在购买农村宅基地上房屋时，一定要慎重考虑，农村宅基地是分配给有资格的村集体组织成员的，城镇户口接触面没有购买资格，即使买卖协议内容约定的再明确，再完整，协议也是无效的。有一部分被拆迁人能得到补偿款，可大多数都是得不偿失的。另外，一些由于历史因素的买卖农村宅基地行为，即使没有约定拆迁时具体补偿款的归属，但买方依旧可以主张部分补偿款，有些城镇居民购买的宅基地可以获得补偿款，这也需要具体问题具体分析。
以上是城镇户口居民购买了农村宅基地上房屋后，遇到房屋拆迁是否有补偿问题的介绍，如果您想了解更多的这方面信息，可以在本网站中查询或找专业律师咨询。
