(一)关于无证房的认定
集体土地上违章建筑的认定主要是依据《城乡规划法》第65条的规定。但是《城乡规划法》颁布于2008年1月1日，前身是《城市规划法》。所以说，无证房的建造时间在违章建筑的认定中起着关键作用。
究其原因，2008年之前的《城市规划法》只是对城市规划区内的无证房提供了处罚依据。根据“法不溯及既往”原则，2008年之前农村集体土地上建造的建筑物并不能适用《城乡规划法》进行处罚。另外，对于一些历史遗留问题，由于地方政策的原因，一些地方大部分村民都没有获取房屋权属证明，对于此类房屋，也不能一概认定为违章建筑。
(二)超过宅基地面积建造的房屋的认定
对于超面积且未履行批准手续建房占用的宅基地，《国土资源部关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》对其采取了分阶段处理的方式：
第一类：1982年《村镇建房用地管理条例》实施前，农民集体成员建房占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，无论是否超过其后当地规定面积标准，均按实际使用面积予以确权登记。
第二类：1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《土地管理法》实施时止，农民集体成员建房占用的宅基地，超过当地规定面积标准的，超过面积按国家和地方有关规定处理的结果予以确权登记。
第三类：1987年《土地管理法》实施后，农民集体成员建房占用的宅基地，符合规划但超过当地面积标准的，在补办相关用地手续后，依法对标准面积予以确权登记，超占面积在登记簿和权属证书附记栏中注明。
另外，对于接受转让、赠与房屋占用的宅基地超过当地规定面积标准的，按照转让、赠与行为发生时对宅基地超面积标准的政策规定，予以确权登记。
(三)非农业户口居民建造的房屋的认定
《国土资源部关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》对非农业户口居民建造的房屋也规定了灵活的处理方式：
1982年《村镇建房用地管理条例》实施前，非农业户口居民(含华侨)合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，按实际使用面积予以确权登记。
1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1999年《土地管理法》修订实施时止，非农业户口居民(含华侨)合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，按照批准面积予以确权登记，超过批准的面积在登记簿和权属证书附记栏中注明。
但是，对于本经济集体组织的农民，不管何时取得的宅基地，在其进城落户后，其原合法取得的宅基地使用权都应予以确权登记。
(四)“一户多宅”情形下建造的房屋的认定
我国的《土地管理法》确定了农村宅基地“一户一宅”的原则。但是由于各地政策的原因，在农村，“一户多宅”的情况也是普遍存在的，因此，不能一刀切地认定为违章建筑。
根据《国土资源部关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》的相关规定，对于符合当地分户建房条件未分户，但未经批准另行建房分开居住的村民，其新建房屋占用的宅基地符合相关规划，经本农民集体同意并公告无异议的，可按规定补办有关用地手续后，依法予以确权登记。所以说，违章建筑是个复杂的法律问题，在认定时一定要慎重。
