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在土地增值税清算过程中，土地征用及拆迁补偿费中的回迁房成本确认是一个重要环节。以下是对此问题的详细分析：
一、回迁房成本确认的总体原则
回迁房作为拆迁补偿的一种方式，其成本在土地增值税清算中需按照相关规定进行确认。根据国家税务总局《关于土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号），房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理。这意味着回迁房的成本确认需遵循视同销售的原则。
二、回迁房成本的构成与确认
1. 成本构成：
回迁房的建造支出，包括前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费等，应计入房地产开发成本。
拆迁补偿费，以房换地方式进行拆迁安置的，所换取的开发产品公允价值计入土地成本中的拆迁补偿费。
2. 成本确认：
回迁房的视同销售收入确认需按照本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定，或无法确定时由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
对应的成本，包括房地产开发成本和拆迁补偿费，应作为扣除项目在土地增值税清算时予以扣除。
三、特殊情况的处理
1. 超面积补价：
被拆迁人选择产权调换且实际调换房屋面积超过原拆迁面积的，所支付的超面积价款应抵减房地产开发企业的拆迁补偿费，相应减少土地增值税的扣除项目金额。
2. 公共配套设施费：
产权属于全体业主的，其成本、费用可以扣除。
无偿移交给政府或公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用也可以扣除。
3. 税收减免或优惠：
若回迁房作为保障性住房或符合特定政策条件，可能享受税收减免或优惠，具体需根据相关政策规定执行。
四、清算流程与要求
1. 资料收集：收集拆迁补偿协议、回迁房建设成本明细、同类房地产销售价格资料等相关文件。
2. 收入与成本核算：按照上述方法准确核算回迁房的视同销售收入和可扣除成本。
3. 填报清算报表：根据核算结果，填报土地增值税清算报表，并向主管税务机关申报清算。
4. 税务审核：税务机关对申报资料进行审核，可能要求提供补充资料或进行说明。
5. 清算结果处理：根据税务机关的审核结果，确定应缴纳的土地增值税税额，并进行多退少补的处理。
五、注意事项与建议
确保所有资料的准确性和完整性，以避免因资料不全或错误而导致的税务风险。
密切关注相关政策法规的变化，确保清算过程的合规性。
如遇复杂情况或不确定事项，建议及时咨询专业税务顾问或律师，以获取专业的法律意见和指导。
土地增值税清算时土地征用及拆迁补偿费中的回迁房成本确认需遵循视同销售的原则，按照相关规定进行成本核算和扣除。在实际操作中，应严格按照税法规定执行，确保税收的合法性和合理性。
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内容来源参考：法律头条-土地增值税清算中土地成本,拆迁补偿土地增值税如何确认收入
内容审核：孙志平律师
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