对于房屋征收中遇到的历史违建问题，通常有以下处理方式。
1. 调查认定：相关部门会对历史违建进行详细调查和认定，确定其违法的性质、时间等情况。这需要依据相关法律法规和政策，综合考虑历史背景等因素。
2. 分类处理：根据调查认定的结果，对历史违建进行分类。一些可能是由于历史原因或特殊情况导致的轻微违法建筑，在符合一定条件下，可能会给予一定的补偿或采取灵活的处理措施。而对于严重违法的建筑，可能不予补偿。
3. 法律程序：整个处理过程需要遵循法定的程序，保障当事人的合法权益。当事人如果对认定结果或处理决定有异议，可以通过合法的途径进行申诉和复议。
总之，在处理房屋征收中的历史违建问题时，既要维护法律的严肃性，又要考虑到历史和现实的情况，以公平、合理的方式进行处理。
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文章来源参考：头条-历史遗留的违建从哪一年开始算起，房屋征收历史违建怎么办手续内容审核：张凡律师
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