房屋征收过程中遇到违章建筑的处理方式如下：
1.调查认定：征收部门会对被征收房屋的情况进行调查，确定是否为违章建筑。认定违章建筑需要依据相关法律法规和规划要求等。
2.程序合法：在处理违章建筑时，必须遵循法定程序，包括告知当事人权利、举行听证等环节，以保障当事人的合法权益。
3.依法处理：如果经认定确为违章建筑，一般会根据其具体情况采取相应的处理措施，如责令限期拆除、没收违法所得等。但在处理时也会考虑到违章建筑的历史原因、社会公共利益等因素。同时，如果违章建筑是由于征收部门的原因导致的，征收部门可能需要承担相应的责任。
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文章来源参考：头条-房屋征收可以拒绝吗，房屋征收违章怎么处理最好内容审核：赵权律师
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