土地发生纠纷且土地上青苗被毁，处理方式如下：
首先，及时收集证据。拍摄青苗被毁的现场照片、视频，记录被毁青苗的种类、数量、生长状况等，留存能证明土地归属及纠纷情况的相关文件，如土地承包合同、宅基地证等。同时，可寻找现场目击证人，让其提供书面或口头证言。
其次，尝试与对方协商解决。明确双方对于土地纠纷的争议焦点，就青苗被毁造成的损失赔偿问题进行沟通，争取达成一致赔偿方案，化解纠纷。
若协商无果，可向相关部门寻求帮助。向当地的土地管理部门反映，由其对土地纠纷进行调查、调解，确定土地权属，评估青苗损失。若涉及故意毁坏财物，也可向公安机关报案，追究对方刑事责任。
最后，若上述途径都无法有效解决，可向人民法院提起民事诉讼。通过法律途径，要求对方赔偿青苗损失，并解决土地纠纷。诉讼过程中，要依据证据进行陈述和辩论，以维护自身合法权益。
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文章来源参考：头条-土地青苗补偿标准文件，土地纠纷产生青苗毁坏怎么办内容审核：崔庆日律师
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