房屋征收补偿协议不能约定管辖法院。
房屋征收补偿协议属于行政协议。行政诉讼法规定，行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。对限制人身自由的行政强制措施不服提起的诉讼，由被告所在地或者原告所在地人民法院管辖。因不动产提起的行政诉讼，由不动产所在地人民法院管辖等法定管辖规则。
这是因为行政诉讼涉及公权力的行使和公共利益的维护等多种因素，不能像民事合同那样由当事人随意约定管辖法院，而是由法律明确规定管辖法院，以确保司法审查的公正性、权威性和统一性。
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文章来源参考：头条-房屋征收补偿纠纷案由，房屋征收补偿协议签订后,协议即可生效内容审核：张海昊律师
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