二者的补偿目标各不相同：征地补偿费主要是针对所有权的转移，即因土地被国家或集体依法征收而给予土地所有者和使用者的补偿，这些资金用于弥补他们在土地征收过程中所遭受的财产损失。
而安置补助费则是针对那些将土地作为主要的生产资料，且以此获得稳定生活来源的农业人口而设定的，它们的主要作用是保证被征地农民在失去土地之后仍能维持基本的生活水平，发挥着保障被征地农民生产生活的重要功能。
然而，在具体的计算方式上，两者也存在显著差异：征地补偿费的计算标准通常由省级、自治区级及直辖市级政府依据相关法规，结合土地原用途、资源条件、产值、区位、供求关系、人口状况以及经济社会发展水平等多方面因素进行综合评估后制定并公布。
而安置补助费的计算方法则主要基于需要安置的农业人口数量，以及被征收耕地前三年平均年产值的4至6倍这两个关键指标来确定，但是，每公顷被征收耕地的安置补助费上限不得超过被征收前三年平均年产值的15倍。
此外，在补偿对象的界定上，两者也有所区别：土地补偿费的补偿对象主要是土地的所有者和使用者，根据我国现行的法律规定，征收土地补偿的范围涵盖了青苗、地上物补偿费、土地补偿费、安置补助费以及被征地农民的社会保障费用等多个方面。
而安置补助费的补偿对象则主要是那些拥有土地承包权的农民，它是为了确保这些农民在失去土地后仍有足够的生活来源而提供的一种生活安置性质的补偿，因此，这项补偿理应归属到土地承包权人手中。
《中华人民共和国土地管理法》第四十八条
征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
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