处理有协议的土地纠纷，可按以下步骤进行：
第一，核查协议。仔细查看土地协议的条款，确认其是否合法有效，有无违反法律法规强制性规定的内容，明确双方权利义务。
第二，协商解决。双方当事人应秉持平等、自愿、公平的原则，就土地纠纷进行友好协商。通过沟通交流，寻求双方都能接受的解决方案，达成新的共识并签订补充协议。
第三，第三方调解。若协商不成，可请求当地的村民委员会、乡镇人民政府等第三方机构进行调解。这些机构熟悉当地情况，具备一定的调解经验和能力，能促使双方化解矛盾。
第四，申请仲裁。若协议中有仲裁条款或双方事后达成仲裁协议，可将纠纷提交仲裁机构仲裁。仲裁具有专业性和高效性特点，其裁决具有法律效力。
第五，提起诉讼。若上述方式均无法解决纠纷，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，由法院依据事实和法律作出公正判决。
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文章来源参考：头条-土地协议书怎样写才有法律效力，土地纠纷签了协议后可以告他吗内容审核：塔娜律师
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