处理确权证土地纠纷可按以下步骤进行：
1.协商解决：发生纠纷后，当事人双方应本着互谅互让的原则，自行协商解决争议。这是最基本、最常见的解决方式，能避免矛盾激化，节省时间和精力。
2.调解解决：若协商不成，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府等进行调解。这些组织具有一定的权威性和公信力，能够公正地进行调解，促使双方达成和解协议。
3.仲裁解决：当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可根据土地承包合同中的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁具有专业性和高效性，能较快解决纠纷。
4.诉讼解决：当事人对仲裁裁决不服的，可以在规定期限内向人民法院起诉。通过法院的判决来确定土地权益归属，具有强制执行力。
在处理纠纷过程中，要注意收集和保存相关证据，如土地确权证、承包合同、经营管理的凭证等，以维护自身合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权证发下来了起诉，土地确权证有纠纷怎么办内容审核：郭培律师
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