土地确权有纠纷时，可按以下步骤处理：
第一，协商解决。纠纷双方自行商量，在互谅互让的基础上，依据相关法律法规和政策规定，就土地的归属、使用等问题达成一致协议。这种方式能避免矛盾激化，节省时间和成本。
第二，调解解决。若协商不成，可请求村民委员会、乡（镇）人民政府等进行调解。这些调解机构具有中立性和专业性，能站在公正立场，依据事实和法律，提出合理调解方案，促使双方达成和解。
第三，行政处理。调解未达成协议的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
第四，诉讼解决。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起规定期限内，向人民法院起诉。通过法院的审判，以法律判决的形式确定土地的权属。
在整个过程中，双方都应收集好相关证据，如土地承包合同、经营权证、证人证言等，以支持自己的主张。
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文章来源参考：头条-土地确权纠纷适用什么法律，土地确权有纠纷的怎样写材料内容审核：袁曼曼律师
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