土地确权发生纠纷，可按以下方式处理：
第一，协商解决。纠纷当事人就争议事项直接进行磋商，在互谅互让基础上达成和解协议。这种方式成本低、效率高，能避免矛盾激化，保持当事人关系和谐。
第二，申请调解。若协商不成，可向村民委员会、乡（镇）人民政府等申请调解。这些调解组织具有一定权威性和专业性，能够站在中立角度，依据法律法规和政策进行调解，促使双方达成调解协议。
第三，申请仲裁或提起诉讼。当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的，可根据土地承包经营纠纷内容，向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可直接向人民法院起诉。仲裁程序相对简便，且具有法律效力；诉讼则是通过司法途径最终解决纠纷，由法院依据事实和法律作出判决。
在处理纠纷过程中，当事人要注意收集和保存相关证据，如土地权属证明、承包合同、经营管理资料等，以便维护自身合法权益。
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文章来源参考：头条-土地确权有纠纷找哪个部门，土地确权出现纠纷怎么办内容审核：袁曼曼律师
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