若不幸发现拆迁协议已遭受恶意修改，为了保护自身的权益，您应当遵循如下严谨的处理程序：
1.充分收集证据：首先，务必尽全力搜集与原始协议相关的各类证据，其中包括但不仅限于协议的复印件、照片、视频等，同时也包括与拆迁方沟通过程中的录音或书面记录。
这些宝贵的证据将有助于证实协议内容确实遭到非法篡改。
2.寻求专业法律咨询：请立即联络专业律师或者法律援助机构，以便获得权威的法律建议。
律师将会协助您深入剖析协议修改的合法性，并为您提供后续行动的指导。
3.向相关部门提出申诉：请向当地的土地管理部门、住房和城乡建设部门，或者直接向负责拆迁事务的政府机关提交正式申诉，详细陈述协议被非法修改的事实。
恳请相关部门介入调查，以期恢复协议的原始状态，或者重新展开谈判。
4.启动司法程序：倘若通过行政途径仍未能解决问题，您有权向人民法院提起诉讼，请求确认协议中被修改的部分无效，或者请求撤销整个协议，同时要求按照原协议条款或者公正合理的条件进行赔偿。
5.采取预防措施：为了避免类似事件再度发生，今后在签署任何重要文件时，都应该在每一页上签名，注明无内容的空白之处，并且妥善保存协议的原件及其所有副本，如有需要，还可进行公证。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第八条
为了保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需要征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定：
（一）国防和外交的需要；
（二）由政府组织实施的能源、交通、水利等基础设施建设的需要；
（三）由政府组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要；
（四）由政府组织实施的保障性安居工程建设的需要；
（五）由政府依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要；
（六）法律、行政法规规定的其他公共利益的需要。
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文章来源参考：头条-拆迁协议可以重新签吗，拆迁协议被改了怎么办手续内容审核：殷浩律师
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