若自建房是在合法取得的宅基地或其他建设用地上建造，且建造过程严格遵循当地城乡规划和建设审批程序，获得了相关部门颁发的建房许可证等合法证件，那么该自建房就是合法的。这种情况下，其在拆迁安置中应按照合法建筑给予合理补偿与安置。
反之，若自建房未取得合法审批手续，例如未经许可在农用地或其他禁止建设区域建造，或者超出规定的建筑面积、层数等标准，就属于违法建筑。违法建筑在拆迁时通常无法得到与合法建筑同等的补偿。不过，各地对于违法建筑的认定和处理方式存在差异，部分地方可能会考虑房屋建造的历史原因等因素，给予一定的适当补偿。
判断拆迁安置协议中的自建房是否合法，关键在于其建设是否符合法律法规和相关审批程序。遇到此类问题，建议咨询专业律师或当地相关部门以明确权益。
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文章来源参考：头条-拆迁安置协议范本，拆迁安置协议自建房合法吗怎么写内容审核：范文玲律师
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