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土地流转的管理涉及多个部门，具体由哪个部门管理需根据土地类型、流转用途及当地行政机构设置而定。以下是对各相关部门的详细解析：
1）农村土地流转管理部门
1. 村集体经济组织或村民委员会：负责协调本村土地流转工作，提供信息沟通平台，适用于本村范围内土地流转的初步了解和协调。
2. 乡镇人民政府（街道办事处）农村土地承包管理部门：指导和管理本行政区域内的土地承包及流转工作，包括审核备案土地流转合同、调解纠纷等。流转双方签订合同后，需将合同副本提交给该部门备案。
3. 县级以上地方人民政府农业农村主管部门：宏观管理和政策指导农村土地流转工作，制定和完善相关政策法规。可向此部门咨询土地流转政策、程序及合同规范等问题。
2）国有土地流转管理部门
自然资源主管部门：管理监督国有土地资源，审批和监管国有土地的流转。涉及国有土地出让、转让等流转活动时，需向此部门了解规划用途、出让条件等信息，并按规定办理审批和登记手续。
3）特殊类型土地流转管理部门
林业部门（涉及林地流转时）：负责林地、林权的管理和保护，制定林业发展规划。若流转土地为林地，需向林业部门咨询特殊政策、森林资源保护要求等相关规定，并办理林权变更登记手续。
法律分析：
非法占用土地归国土资源局管理。非法占用土地是指单位或者个人未经批准擅自占用土地、采取欺骗手段骗取批准占用土地以及超过批准的数量多占土地的违法行为。根据我国相关法律规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》第七十五条 占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
土地流转应由县级以上农业行政主管或农村经营管理部门管理。
县级以上人民政府农业行政主管(或农村经营管理)部门依照同级人民政府规定的职责负责本行政区域内的农村土地承包经营权流转及合同管理的指导。
法律依据:《中华人民共和国土地管理法》
第十三条农民集体所有和国家所有依法由农民集体使用的耕地、林地、草地，以及其他依法用于农业的土地，采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式承包，不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等，可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。
家庭承包的耕地的承包期为三十年，草地的承包期为三十年至五十年，林地的承包期为三十年至七十年;
耕地承包期届满后再延长三十年，草地、林地承包期届满后依法相应延长。
国家所有依法用于农业的土地可以由单位或者个人承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。
发包方和承包方应当依法订立承包合同，约定双方的权利和义务。
承包经营土地的单位和个人，有保护和按照承包合同约定的用途合理利用土地的义务。
第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;
个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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文章来源参考：政府头条-土地流转款哪个部门监管的，土地流转费用由什么部门发放
内容投稿：葛延凯
内容审核：赵昀腾律师
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