自建房拆迁时，两层和三层楼的补偿并不一定相同，具体取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
1）补偿计算的基本原则
1. 依据产权证明：房屋产权证是确定房屋合法建筑面积和层数的基础。若三层自建房的每一层均在产权登记范围内，拆迁补偿将按照三层的实际建筑面积进行计算；若只有两层在产权登记范围内，则按两层计算。
2. 考虑扩建或加建的合法性：对于合法的扩建或加建部分，若已取得相关部门的审批手续，这些部分也将被纳入补偿范围。未经审批的违法建筑则不会被计入补偿面积。
2）当地拆迁政策和特殊规定
1. 地区差异：不同地区的拆迁政策和标准存在差异。有些地方可能设定基准面积，超出部分采用不同补偿标准；还有些地方可能结合人口数量进行补偿计算。
2. 详细补偿方案：政府通常会制定详细的补偿方案，包括每平方米的补偿金额、不同结构房屋的补偿系数等。这些方案是确定补偿金额的重要依据，可能因楼层不同而有所差异。
3）影响补偿的其他因素
1. 房屋结构和质量：结构坚固、质量良好的房屋往往能获得更高的补偿。若三层楼在结构或质量上优于两层楼，其补偿可能更高。
2. 地理位置和用途：房屋的地理位置和用途也会影响拆迁补偿。位于繁华地段或具有特殊用途的房屋（如商业用房）往往能获得更高的补偿。
3. 市场价值：不同楼层的房屋在市场上的价值可能不同，这也会影响拆迁补偿。例如，顶层可能因视野好而价值更高，底层可能因出入方便而受青睐。
法律分析:
按照国家标准《房屋的测量规范》该规定中2.2以上的高度，有外包围正式建筑才算建筑面积，高度低于2.2米的不算纳入补偿的有效建筑面积，但可以作为房屋的附属物进行补偿。
法律依据:
《中华人民共和国土地管理法》 第四十七条 征收土地的，按照被征收土地的原用途给予赔偿。征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。
法律规定房屋拆迁面积应当是根据实际的情况来进行测量。
1、房屋面积计算系指外围水平面积及水平投影面积计算，其中包括房屋建筑面积、共有建筑面积、使用面积等的测算。 2、房屋建筑面积计算按房屋外墙(柱)勒脚以上各层的外围水平投影面积，包括阳台、挑廊、地下室、室外楼梯等，且层高2.20 米(含2.20米，下同)以上的永久性建筑。 3、房屋共有建筑面积系指各产权人共同占有或共同使用的建筑面积。 4、房屋使用面积系指房屋户内全部可供使用的空间面积，按房屋的内墙面水平面积计算。 5、房屋层数是指房屋的自然层数，一般按室内地坪±0米以上计算。假层、附层(夹层)、插层、阁楼(暗楼)、装饰性塔楼，以及突出屋面的楼梯间、水箱间不计层数。
6、房屋所在层次是指本权属单元的房屋在该幢楼房中的第几层。地下层次以负数表示。
计算全部建筑面积的范围永久性结构的单层房屋按一层计算建筑面积。
单层房屋内如带有部分楼层者，符合规则一般规定的亦应计算建筑面积。
多层和高层房屋按各层建筑面积的总和计算。 房屋内的技术层(管道层、附层、夹层等)层高在2.20 米以上的按其墙外围水平面积计。以上就是在明律师事务所小编为大家整理的“拆迁是按层数算面积吗，自建房拆迁两层和三层楼补偿一样吗”相关内容，希望能够对您有所帮助。如果您还有其他问题，欢迎咨询我们的在线律师。
文章来源参考：政府头条-拆迁是按层数算面积吗还是面积，拆迁按楼层还是地基
内容投稿：顾安莉
内容审核：张春涛律师
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