非房地产企业从政府购入的土地使用权，其进项税额一般不可以直接抵扣，但可在特定条件下扣除土地价款以减少增值税应纳税额。以下是对此问题的详细分析：
1）增值税的一般规定
1. 一般纳税人从政府部门受让土地使用权：根据相关规定，虽不能直接按票面税额抵扣进项税，但可在计算增值税销售额时扣除土地价款。具体计算公式为：销售额=（全部价款和价外费用 ▷ 当期允许扣除的土地价款）÷（1 + 9%）。当期允许扣除的土地价款按销售建筑面积比例计算，且需提供省级以上财政部门监（印）制的财政票据作为合法有效凭证。
2. 简易计税方法：若选择简易计税方法的一般纳税人或小规模纳税人转让土地使用权，则不适用土地价款扣除规定，应按征收率计算缴纳增值税，不涉及土地价款相关的进项税额抵扣。
2）不可抵扣的情形
▷ 若企业取得土地使用权用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费等，其进项税额不得抵扣。例如，将土地使用权用于建设职工宿舍供职工免费居住，属于集体福利范畴，对应进项税额不能抵扣。
3）特殊情况的处理
▷ 发票问题：虽然通常从政府部门取得的是财政票据，但在特殊情况下，若政府部门进行了增值税应税行为并开具了合规的增值税发票，且符合抵扣条件，购买方可按专票规定进行认证抵扣。这种情况较为少见，主要还是按扣除土地价款方式处理。
法律分析：
根据《土地增值税清算管理规程》相关法律条文规定，土地增值税不能抵扣进项税。所谓的土地增值税，是根据增值程度来确定不同税率的，增值率越高税率也越高。该项税收制度的规定，有利于维持社会稳定和推动经济社会持续健康发展，也是维护广大人民群众根本利益的重要制度。
法律依据：
《土地增值税清算管理规程》 第十条 对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。
（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的
（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的
（三）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的
（四）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。
对前款所列第（三）项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。
土地转让的进项税额能否进行抵扣？
在涉及到土地的使用权流转的过程中，各企事业单位有机会使用抵扣制度来拉动土地购入成本的进项税额的抵消。
这个变革也预示着，基于土地的交易是被允许在增值税上进行抵扣的，这种政策对房地产行业的发展无疑具有极大的推动作用。
然而值得我们关注和严谨对待的是，对于土地交易中所产生的土地出让金，其会计处理方面应该被记录在开发成本子项目--土地成本之中，其中还应包含土地使用权的获取费用以及土地开发过程中的各项开支。
同时，土地使用权绝对不能作为无形资产被随意地摊派至管理费用里，这样会使企业在税务处理上陷入困境。
因此，各个企业务必高度重视土地成本的合理分配并准确记录至相应的会计科目之中。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第九条纳税人购进货物或者应税劳务，未按照规定取得并保存增值税扣税凭证，或者增值税扣税凭证上未按照规定注明增值税额及其他有关事项的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
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文章来源参考：政府头条-土地转让有没有进项抵扣增值税，土地转让入什么科目
内容投稿：吴慕
内容审核：张海昊律师
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