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商铺纯一层和二层在拆迁时的赔偿主要遵循《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。总体来说，不论是纯一层还是二层的商铺，拆迁赔偿均包括房屋价值的补偿、搬迁及临时安置的补偿以及停产停业损失的补偿。
一、房屋价值的补偿
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条及第十九条，对被征收商铺的价值补偿，不得低于征收决定公告之日类似房地产的市场价格。这一价值由具有资质的房地产价格评估机构按房屋征收评估办法确定。若对评估价值有异议，可向评估机构申请复核，甚至向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
二、搬迁及临时安置的补偿
商铺拆迁涉及物品的搬迁及可能的临时安置费用，这些都将得到相应的补偿。
三、停产停业损失的补偿
由于拆迁导致商铺无法正常营业，因此会产生停产停业的损失。根据条例，这种损失也应当得到补偿，补偿的具体数额会根据商铺被征收前的效益、停产停业期限等因素来确定。
综上所述，无论是纯一层还是二层的商铺，在拆迁时均有权获得上述三方面的补偿。具体的补偿数额和方式，拆迁方与被拆迁方可以通过协商来确定，并签署拆迁补偿协议以明确双方权益。
法律分析：
没有申请合法审批手续的，不属于《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定的抢建行为，最低建筑成本价补偿。
法律依据：
《中华人民共和国建筑法》
第七条 建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证;但是，国务院建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。
按照国务院规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再领取施工许可证。
第五十二条 建筑工程勘察、设计、施工的质量必须符合国家有关建筑工程安全标准的要求，具体管理办法由国务院规定。
有关建筑工程安全的国家标准不能适应确保建筑安全的要求时，应当及时修订。
法律分析：
没有申请合法审批手续的，不属于《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定的抢建行为，最低建筑成本价补偿。
法律依据：
《中华人民共和国建筑法》
第七条 建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证;但是，国务院建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。
按照国务院规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再领取施工许可证。
第五十二条 建筑工程勘察、设计、施工的质量必须符合国家有关建筑工程安全标准的要求，具体管理办法由国务院规定。
有关建筑工程安全的国家标准不能适应确保建筑安全的要求时，应当及时修订。
一是搬迁前期费用和搬迁过程中发生的停工费用、机器设备调试修复费用以及物资的拆卸、包装和运输、解聘员工补偿费等费用。
二是基于拆迁政策发生的奖励费用，包括速迁费、拆迁奖励费等。
需要看到拆迁协议，才能确定拆迁是否合法，以及能索要哪些赔偿。
三是拆除非住房住宅房屋造成停产停业的，也将得到补偿：
拆迁房屋造成停产、停业的，在规定的过渡期限内，按照所涉及的在册工人数或者工商营业登记的实际从业人数给予一次性补偿。
其中过渡期18个月以内的，补偿6个月；
过渡期18个月以上24个月以下的，补偿10个月；
由于拆迁人的责任延长过渡期限的，从逾期1个月起每逾期1个月，补偿1个月。
具体的停产停业补偿标准由省、自治区、人民政府制定。
法律依据：
第十七条?作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
法律分析：
没有申请合法审批手续的，不属于《国有土地上房屋征收与补偿条例》规定的抢建行为，最低建筑成本价补偿。
法律依据：
《中华人民共和国建筑法》
第七条 建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请领取施工许可证;但是，国务院建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。
按照国务院规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再领取施工许可证。
第五十二条 建筑工程勘察、设计、施工的质量必须符合国家有关建筑工程安全标准的要求，具体管理办法由国务院规定。
有关建筑工程安全的国家标准不能适应确保建筑安全的要求时，应当及时修订。
法律分析：
民法典只规定征收房屋要依法给予经济补偿，但怎样补偿没有规定，而《国有土地上房屋征收与补偿条例》，商铺拆迁的补偿项目包括房屋价值补偿、安置补偿、停产停业损失等。
法律依据：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十七条 作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
《中华人民共和国民法典》
第二百四十三条 为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和组织、个人的房屋以及其他不动产。
征收集体所有的土地，应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。
征收组织、个人的房屋以及其他不动产，应当依法给予征收补偿，维护被征收人的合法权益;征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。
任何组织或者个人不得贪污、挪用、私分、截留、拖欠征收补偿费等费用。
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文章来源参考：头条-商铺拆迁二层赔偿，商铺内搭建二层拆迁有补偿吗？
内容审核：侯森律师
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