首先，在拆迁中一部分厂房建筑的年代较早，当时都不需要办理现在一系列的审批手续，因为还未出台现行的相关城乡规划的法律。《城乡规划法》的实施时间为2008年1月1日，根据法不溯及既往的原则，行政机关亦不能以《城乡规划法》为依据对行为人2008年之前的行为进行处罚。
其次，还有一些厂房是当地政府通过招商引资在当地建设的，厂房建设时当地政府给了一些优惠政策，减少了部分审批要求。虽然厂房未能提供相关规划建设审批材料证实拆迁厂房为合法建筑，但在厂房在建设和使用过程中，取得了有关行政机关的认可和支持。对此，行政机关作出的承诺、确认和默许，形成了行政法上的信赖利益，这属于国家赔偿法规定的“合法权益”范畴，应予保护。企业基于信赖利益对厂房的建设使用所做的相应投入，在有关强制行为被确认违法后依法有权获得相应的赔偿。
以上情况的厂房虽然存在一些问题，并不属于严格意义上的违建，不能直接认定为违建，所以，这些厂房要通过正常程序评估补偿。
最后，如果厂房真的属于违建，虽然违法建设不属于合法财产权益，行政机关对违法建设的拆除不产生行政赔偿。但是厂房的建设材料，以及厂房内的设备财物，这些都属于合法财产，即使相关部门组织实施强制拆除，也要对这些财物做好登记保全并制作物品清单，交予厂房所有人确认，以确保企业的合法财产不因拆违受到不合理的毁损。否则，企业有权主张合法财产部分的损害赔偿。
以上是厂房拆迁遇到违建拆迁存在的那些问题，如果您想了解更多的这方面信息，可以在本网站中查询或找专业律师咨询。
