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农村自建房第二层算面积，且在拆迁或产权登记时，第二层面积会纳入总面积计算。具体分析如下：
1）产权登记与面积计算1. 产权登记原则：根据《中华人民共和国民法典》及相关规定，房屋面积以产权登记为准。若自建房已办理合法产权证书，且证书上明确登记了第二层的面积，则该面积受法律保护，拆迁时应计入补偿范围。
2. 面积计算方式：产权证书上的面积通常由相关部门测量并认定，包括房屋外墙勒脚以上各层水平投影面积之和，涵盖阳台、地下室等具有永久性顶盖的部分。第二层面积的计算遵循同一标准。
2）拆迁时的面积认定1. 以产权证书为准：拆迁时，若自建房拥有合法的产权证书，且第二层面积已登记在册，则拆迁方应按照证书上登记的面积进行补偿。
2. 实地测量与特殊情况处理：对于无产权证书或证书面积与实际不符的情况，拆迁方应组织专业人员进行实地测量。若第二层为合法加盖部分（如具备相关审批手续），则应计入拆迁面积；若为无审批的私自加盖部分，则根据建设时间与当地政策判断，可能按比例计算或不予计算面积补偿。
3）合法建房与加盖要求1. 合法建房条件：农村建房需符合村庄规划，办理宅基地审批手续，并获得建设工程规划许可证等必要证件。只有在满足所有合法条件的情况下，建造的房屋（包括第二层）才受法律保护。
2. 加盖二层的合法性：若自建房所在村庄允许加盖二层，且加盖行为已获得相关部门审批同意（如获得了建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等），则加盖的第二层是合法的，其面积应计入产权登记和拆迁补偿范围。
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内容来源参考：法律头条-农村二层楼拆迁怎么算面积？,拆迁两层自建房怎么算面积?
内容审核：丁春扬律师
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