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国有土地上房屋拆迁补偿通常是按照房屋产权证明进行补偿的。以下是对此问题的详细分析：
一、补偿的法律依据与原则
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条、第十七条，为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。补偿内容通常包括被征收房屋价值的补偿、因征收房屋造成的搬迁与临时安置的补偿，以及因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。房屋产权证明，如房产证或不动产权证，是权利人享有房屋所有权的法律凭证，也是获得拆迁补偿的重要依据。
二、补偿的具体内容
1. 被征收房屋价值的补偿
定义：指对被拆迁房屋本身价值的补偿，其金额不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。
评估方法：由具有相应资质的房地产价格评估机构，按照房屋征收评估办法进行公正、专业的评估。评估时，会综合考虑房屋的区位、用途、建筑结构、新旧程度、建筑面积及占地面积、土地使用权等因素。其中，土地使用权价值是房屋价值的重要组成部分，特别是在城市中心等土地稀缺区域，土地使用权价值往往占据较大比例。
2. 搬迁与临时安置补偿
搬迁补偿：因拆迁导致的搬迁费用，如物品搬运费等，由征收方给予补偿。具体金额根据搬迁所需的人力、物力成本确定。
临时安置补偿：若被拆迁人需自行安排临时住处，征收方应支付临时安置费，直至提供产权调换房屋或支付货币补偿款后足够时间重新安置为止。补偿标准各地不同，可能按被征收房屋面积或当地租赁市场平均租金水平计算。
3. 停产停业损失补偿
适用对象：主要针对用于生产经营的房屋，如商铺、工厂等。
补偿标准：根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定，具体计算方法由省、自治区、直辖市制定，可能包括按被征收房屋价值的一定比例计算或按停产停业期间实际净利润损失计算等方式。
三、特殊情况下的补偿处理
1. 违规建筑
若房屋存在严重违反规划等法定程序的情况，或通过不正当手段获取产权证书，经法定程序认定为违法建筑后，可能会影响补偿，甚至不予补偿。
2. 证件瑕疵
若房屋产权证明存在登记错误、证件过期等瑕疵情况，需先解决这些问题，明确房屋产权状况后，才能确定最终的补偿事宜。
四、补偿方式
货币补偿：征收方按照评估确定的房屋价值等补偿内容，向被拆迁人一次性支付货币款项，由其自行解决住房问题或用于其他用途。
产权调换：征收方提供与被拆迁房屋区位、面积、用途等相当的房屋进行调换，并结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
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内容来源参考：法律头条-房屋所有权证拆迁有补偿吗,不动产权证拆迁有土地补偿吗
内容审核：孙熙越律师
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