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合同约定第三方付款属于合法行为。公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。应要就交易对象与代付款的第三方共同出具书面说明，确认由第三方代为支付款项的事实。或者向交易对象、代付款的第三方发送确认函并要求回执。
1、认可。甲方与丙方签订合同，约定由乙方代为付款。这种在民法上叫做第三人代位履行。
2、合同法第六十五条规定：“当事人约定由第三人向债权人履行债务的，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。” 由该条规定我们可以知道，所谓第三人代为履行，是指第三人依照合同当事人约定由其向债权人履行债务。第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。属于给第三人设定义务，除非第三人同意，否则是无效的。
签订的三方协议，则甲乙之间不必另外签订协议，只要凭三方协议可以向丙主张付款。第三人代位履行协议符合法律规定，税务并没有不认可的理由。
风险:债权单位委托第三方单位代收时,债权单位可能声称自己没有收到款项,要求重新支付;债务单位委托第三方单位代为支付时,第三方单位可能会以\"返还不当得利\"要求返还相应款项.
风险防范:在债权单位要求将款项支付给第三方时,可要求其提供相应的书面委托书、或书面通知,明确写明委托第三方单位代收;债务单位让第三方单位代为支付时,应由债务单位和第三方单位写出书面说明,共同确认\"由第三方单位代债务单位代为支付款项\"的事实.
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
法律分析：
公司之间委托第三方收款合法。
公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。
法律依据：
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》 第一条 第三项 购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。
纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
法律分析：
合同约定第三方付款属于合法行为。
公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。
应要就交易对象与代付款的第三方共同出具书面说明，确认由第三方代为支付款项的事实。
或者向交易对象、代付款的第三方发送确认函并要求回执。
1、认可。
甲方与丙方签订合同，约定由乙方代为付款。
这种在民法上叫做第三人代位履行。
2、合同法第六十五条规定：
“当事人约定由第三人向债权人履行债务的，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。
” 由该条规定我们可以知道，所谓第三人代为履行，是指第三人依照合同当事人约定由其向债权人履行债务。
第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。
属于给第三人设定义务，除非第三人同意，否则是无效的。
2、根据你的描述，签订的是三方协议，则甲乙之间不必另外签订协议，只要凭三方协议可以向丙主张付款。
第三人代位履行协议符合法律规定，税务并没有不认可的理由。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
法律分析：
合同约定第三方付款属于合法行为。
公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。
应要就交易对象与代付款的第三方共同出具书面说明，确认由第三方代为支付款项的事实。
或者向交易对象、代付款的第三方发送确认函并要求回执。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
法律分析：
公司之间委托第三方收款合法。
公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。
法律依据：
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》 第一条 第三项 购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。
纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
法律分析：
公司之间委托第三方收款合法。
公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。
法律依据：
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》 第一条 第三项 购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。
纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
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文章来源参考：头条-苏州李口拆迁补偿方案，委托付款三方协议税务认可吗？
内容审核：徐会元律师
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