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同一厂区两幢厂房，一幢是2016年4月前建造，一幢是2020年建造，房租发票税率需根据不动产取得时间及纳税人身份综合确定。以下是对此问题的详细分析：
1）增值税税率1. 一般纳税人：
一般计税方法：对于2016年5月1日后取得的不动产（即本例中的2020年建造的厂房），一般纳税人应按照不动产经营租赁服务缴纳增值税，税率为9%。应纳税额的计算公式为：销项税额 进项税额，其中销项税额=含税销售额÷(1 + 9%)×9%。
简易计税方法：对于2016年4月30日前取得的不动产（即本例中的2016年4月前建造的厂房），一般纳税人可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。应纳税额的计算公式为：含税销售额÷(1 + 5%)×5%。
2. 小规模纳税人：
小规模纳税人出租厂房，不论不动产取得时间，均按照5%的征收率计算应纳税额。
2）其他相关税费1. 房产税：
根据《中华人民共和国房产税暂行条例》的规定，房产税以租金收入为计税依据，税率为12%。这一规定适用于所有出租厂房的行为，无论不动产取得时间或纳税人身份。
2. 印花税：
印花税按照财产租赁合同租赁金额的千分之一贴花。税额不足1元时，按1元贴花。这一规定同样适用于所有出租厂房的行为。
3. 城市维护建设税及教育费附加：
城市维护建设税及教育费附加以实际缴纳的增值税为计税依据。城市维护建设税根据纳税人所在地不同，税率分别为市区7%、县城和镇5%、其他地区1%；教育费附加率一般为3%，地方教育附加率通常为2%。
3）注意事项1. 纳税人身份：不同身份的纳税人在计算税费时可能适用不同的税率和计税方法。因此，在确定房租发票税率时，需首先明确纳税人的身份。
2. 不动产取得时间：不动产取得时间是决定一般纳税人是否可以选择适用简易计税方法的关键因素。对于2016年4月30日前取得的不动产，一般纳税人可以选择适用简易计税方法；而对于之后取得的不动产，则需按照一般计税方法缴纳增值税。
3. 地区差异：虽然增值税、房产税等税种的税率在全国范围内是统一的，但城市维护建设税的税率可能因纳税人所在地不同而有所差异。因此，在计算城市维护建设税时，需关注纳税人所在地的具体规定。
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内容来源参考：法律头条-厂房租赁发票税率是多少,房屋租赁发票几个点的税
内容审核：侯森律师
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