邻居争拆迁纠纷可以在规定的时间内依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十四条，被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
第二十六条，房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
拆迁纠纷找哪个部门进行经济赔偿拆迁纠纷中的被告有两种：
1.拆迁行政管理部门。一般而言，拆迁行政管理部门作出拆迁许可、拆迁决定、拆迁补偿裁决等行政行为的，原告不服提起行政诉讼的，拆迁行政管理部门为被告。
2.人民政府。城市房屋拆迁行政诉讼中，以人民政府为被告的一般是以下几种情形：
(1)由人民政府下属的“拆迁办公室”充当拆迁人同时又作出许可决定和裁决;
(2)由人民政府或者土地管理局成立的临时性组织，如“拆迁指挥部”等充当拆迁人，同时作出许可决定和裁决;
(3)由政府专门成立的土地储备中心充当差遣人由人民政府作出裁决。在城市房屋拆迁行政纠纷时，出现以上三种情形的，人民政府为房屋拆迁行政诉讼的被告。
因此，发生拆迁纠纷的，应找拆迁行政管理部门或者当地人民政府进行经济赔偿。
拆迁补偿协议需要明确什么内容在明网提醒您，拆迁协议里比较重要必须明确的内容有：
1.补偿款的总金额及各项补偿内容的具体明细，如果存在厂房出租的情况，这个各项补偿内容的具体明细就尤为重要，这涉及到双方以后分割拆迁补偿款的份额确定。
2.补偿款的支付时间及支付方式。
3.安置房、安置土地的面积及具体位置、土地性质因为地理位置决定了土地的区位价值，土地性质是住宅、工业还是商业也直接决定土地的价值，如果双方在合同中没有明确的约定，在实际履行中很容易产生纠纷。
4.如果签订补充协议，补偿协议上的内容必须合法，与主合同条款不冲突，如果对主合同有重大改动，须明确约定以补偿协议约定为准。
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