企业拆迁补偿费的纳税方式是应当缴纳企业所得税，因目前法律法规并没有针对企业征收拆迁出台相关的免税政策，因此企业因征收拆迁所获得的补偿款不属于免税、不征税范围，企业在获得拆迁补偿款并依法扣除相应费用后，结余补偿款应当缴纳企业所得税，按企业所得税税率25%计算缴纳。
厂房拆迁的程序1.颁发拆迁许可证，这是实施房屋拆迁的前提；
2.发布拆迁公告，说明拆迁人、拆迁范围、拆迁期限等事项；
3.厂房拆迁补偿，按国家和当地政策补偿。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条 为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。
第十条 房屋征收部门拟定征收补偿方案，报市、县级人民政府。市、县级人民政府应当组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见。征求意见期限不得少于30日。
对厂房拆迁补偿款不服怎么办在明网提醒您，对拆迁补偿不满意，可以进行协商。如果无法达成拆迁补偿协议，作出房屋征收决定的市、县级人民政府会依据房屋征收部门的报请作出补偿决定。此时，对决定不服可以行政复议或者行政诉讼。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条
房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
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