在一个宅基地有两个户主的情况下进行拆迁赔偿，通常会按照以下方式处理。
1. 首先，会对该宅基地的总面积以及地上建筑物等进行评估，确定总的赔偿价值。
2. 其次，根据两个户主在该宅基地上的权益份额来分配赔偿款。一般会依据双方的共有关系、出资情况等因素来确定各自的份额比例。如果双方是按份共有，就按照约定的份额进行分配；如果是共同共有，通常会平均分配。
3. 最后，在分配赔偿款时，要确保整个过程公平、公正、透明，双方应充分沟通协商，如有争议可通过法律途径解决。同时，拆迁方也应按照相关法律法规和政策规定，合理、足额地进行赔偿。
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文章来源参考：头条-同一个宅基地两个户主怎么确权，同一个宅基地两个户主内容审核：李若男律师
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